Zunächst wird das Protein kristallisiert. Ist keine Kristallisationsbedingung bekannt, muss ein Kristallisationsscreening durchgeführt werden.
2. Synchrotronversand
Haben die Kristalle eine ausreichende Größe erreicht, werden Sie in flüssigen Stickstoff überführt und zum Synchrotron (Teilchenbeschleuniger) versendet.
3. Synchrotronmessung
Am Synchrotron werden die Kristalle mit Röntgenstrahlung beschossen und die gebeugte Strahlung mit einem Detektor gemessen.
4. Strukturlösung
Aus dem erhaltenen Beugungsmuster lässt sich die Verteilung der Elektronendichte im Proteinkristall berechnen und so die Struktur des Proteins lösen.